人員不足の中できちんと休暇を消化していくのは、確かに難しいことだと思います。
　特に中小企業などは、社員が一丸になって頑張らないと経営そのものが立ち行かなくなる事もありますし、経営者や管理者に「休むことは悪」という感覚があると更に難しいと思います。

　職場の労働環境は、会社側の意向が強く反映されることが多いものです。これを改善していくには、基本的には労働者と会社が話し合っていくしかありません。できれば、お互いが建設的に話し合うのが一番良いと思います。

　ご質問の中に「有給休暇を誰かが取る」→「その穴埋めを誰かが行う｣→「人件費があがる」→「利益が下がる」→「賞与が下がる」というサイクルがありましたが、「穴埋め｣→「人件費アップ」にならなければ有給取得は可能なわけで、そうなるにはどうしたら良いかなど、業種や仕事柄によっては工夫の余地がとても少ないこともありますが、考えれば何か回避方法はあるはずです。
　また休暇が取れないことで、例えば退職者が増えるなどの影響が発生して、結果的に人手不足に陥っていることもあるのではないでしょうか。業績に悪影響なのは明らかですし、このあたりを会社に説得力を持って説明して理解させることも、出来ることとしてはあるでしょう。
　現場の視点で提案し、会社側も出来ることは取り入れていくようになれば、今よりは休暇取得ができるようになっていくと思います。

　ただ会社側が全く聞く耳を持っていないなど、対等な話し合いが不可能な場合は、労働組合による団体交渉など、法律で強制力がある形に基づいて行動することも必要になってくると思います。

　まずは周囲の方々とも連携しながら、自分に出来ることはとりあえずやってみるという姿勢で臨んでみてはいかがでしょうか。