産休、育休は法的に認められたものではありますが、特に中小企業ではなかなか取れなかったり、取得できたとしてもいい顔はされないという話は多々聞きます。
　今回のご質問に書かれた内容からは、かなり感情的なひどい対応だとは思いますが、会社全体にそういう雰囲気があるにしろ、所属部署の上司だけの問題にしろ、また程度に差はあってもこのような話はあるものです。

　そういうことも踏まえ、まず正当な手続きを経て産休、育休の申請が受理されているのなら取得することが良いと思います。
　その理由として第一には、今心配されていることはほとんど仮定の話が多いと思います。復帰するころには上司が心を入れ替えているかもしれないし、上司が別の人に代わっているかもしれません。お子さんもそれほど病気をせずに済むかもしれませんし、快く休みを認めてくれるようになっているかもしれません。実際に復帰したときの状況によって、どうしても働きづらいと感じたのならそれから退職を考えても遅くないと思います。

　第二の理由として、もしこのまま辞めてしまえばこの会社は産休や育休の社員を扱うことを経験する機会を失い、今の理解が無い状況は今後も続くと思います。実際に経験し、産休や育休の弊害がそれほど無いことを知れば、徐々に取得しやすい環境になっていくと思います。後に続く人に道をつけるということです。
　私が以前在籍していた会社でも初めはイヤイヤで認めていたのが、何人かの休業を経験する毎に徐々に要領をつかみ、抵抗感が薄れて行ったような所があります。
　あまり使命感に燃える必要はありませんが、こんなことも考えて見てはいかがかと思います。

　以上、参考になるかわかりませんが、一つのアドバイスとしてお聞きいただければと思います。