「内部統制」は様々な法令等の根拠に基づくものですが、最も問題とされる金融商品取引法と会社法の２つの「内部統制」概念について簡単に比較してみましょう。
　取締役会・監査役設置会社である大会社（委員会設置会社以外の大会社）における取締役会で決議しなければならない事項として、会社法３６２条４項６号において、以下のように定められています。
「取締役の職務の執行が法令及び定款に適合することを確保するための体制その他株式会社の業務の適正を確保するために必要なものとして法務省令（会社法施行規則１００条１項・３項）で定める体制の整備」
　これが会社法でのいわゆる「内部統制システム」の整備を要求するものです。ここでは内部統制の目的の範囲についての規定は特になく、極めて広い意味内容の「内部統制」となっています。（なお、会社法では「内部統制」という用語は使用されていません。）
　これに対して、金融商品取引法２４条の４の４で要求されている「内部統制報告書」の提出は、経営者が財務報告に関する内部統制について、その有効性を自ら評価し、その結果を外部に向けて報告するためのもので、ここでの「内部統制」の意味は限定されており、あくまでも財務報告の信頼性に影響を与える財務報告に係る内部統制のみが問題とされることになります。
　以上のように、会社法での内部統制の意味、そして金融商品取引法での内部統制の意味は、目的が限定されているか否かということで、違いがあることに注意しておかなければなりません。