メンタルヘルスコンサルタントの見波です。
システム開発のメンタルヘルスに関わる共通事項として、次に挙げられることに留意して体制を整える事が必要かと思います。
（１）過重労働になり易い。
（２）新しい技術など高い技術水準が求められる。
（３）顧客からの要望が厳しい。

会社としては、上記の特性を鑑みて安全配慮義務に則った対応が必要となります。
具体的には、
・PM（プロジェクトマネージャー）が仕事の進捗を把握する。
・PMが個人の技術レベルや能力を正確に把握し、考慮する。
・時間外労働、休日出勤、振休の取得状況、遅刻・欠勤状況は常にチェックする。
・能力に応じてサポート体制を整える。また、聞ける環境を整える。
・業務負荷だけではなく、業務における心理的負荷にも配慮する。
・睡眠時間の確保は最優先にする。
・不調のサインにはいつも気を配る。
・社員に変化（サインが認められる）がある場合は、必ず確認する。
・確認した際、言葉だけを鵜呑みにしない。
・不調が認められた場合、本人を専門家にリファーする。
・不調者が出たプロジェクトは、その原因を究明し改善する。
・社員が自主的に相談できるような相談室などを設ける。
・上級幹部層に対して、リスク管理、安全配慮義務、職場風土を2時間程度研修をする。
・管理職層に対して、1日の効果的なメンタルヘルス研修を行う。
・一般社員に対して、半日程度の効果的なメンタルヘルス研修を行う。
・社内のメンタルヘルス担当者を決める。
・職場復帰に関する社内のルールや規定を定める。
・復帰の判断基準を決める。
・基本的な復帰プログラムを作る。
・休職者が出た場合、基本プログラムに則って、仕事に応じて個別プログラムを作る。
・プログラムに上司のフォローや就業上の配慮事項などを盛り込む。
・会社の経営幹部が本心で社員を大切にしたいと思う。
・会社の社長がメンタルヘルスに対する方針を掲げる。

以上、順不同に特に重要となる点について挙げましたが、これですべてではありません。
ほんの一例です。また、一度やったからといって終わるものでもありません。永遠に継続されるべきものです。

しかし、メンタルヘルスは会社にとって、業績と合わせて車の両輪と思っていただきたいと思います。お互いが強化し合えるものなのです。