登記できれば問題ありませんが・・・

ご自宅の住所を公開されたくないとのこと、大事な個人情報であったり、会社の所在地を東京に拘ったりという場合が多いようですね。
会社所在地として登記できる場所が確保できれば問題はありません。しかし、公的な書類の郵送は届出をしない限り会社所在地に郵送されますし、調査は会社所在地を所轄する官公署が行いますので、登記させてもらう場所を提供して頂く方とよく打合せされておくことをお薦めします。公的書類は発信主義が原則ですので、こちらに届いていないから知らなかったは認められません。ご注意下さい。
また、ご自宅を会社と切り離す場合には、ご自宅で使われている経費は、会社の経費にならないことを注意してください。バーチャルオフィスとのことなので、ほとんどの仕事はご自宅で行われることと思いますが、ご自宅の通信費、光熱費等は、会社と関係ないことになります。
ご自宅を支店登記して頂く場合であれば、ご自宅は支店という事になりますので、ご自宅の通信費、光熱費や家賃等も、事業割合に応じて、経費算入が可能になりますが、ご住所が公開されてしまうことになるので、やりたくないとのことですよね。
法律上はおかしいことですが、ご自宅を登記せず、税務署及び都道府県税事務所、市町村にだけ、ご自宅を事業所として届け出た場合にも経費算入は可能です。ただし、登記法違反になりますので、リスクは承知の上でやっていただくしかないですが。