不動産コンサルタント　＆　ＦＰ　野口です。

yumiii様が、所有の建物の現在利用していない空き室を有効に活用されたいと思われたのは、良い発想だと思います。

　”現在の個人事業として青色申告をどう関係するか？”----これは、治療院として申告しておられるのですから、これに追加して
　「不動産の賃貸業」として、申告すれば良いでしょう。
　　従って、青色申告のメリットは享受できます。

　不動産【空室】を貸し出す場合の留意点が次の通りです。

　１、一反賃貸しますと、現在の法律では借主に有利に働いています。yumiii様が治療院を再開しようと思い、
　　貸し室を返還して欲しいと思っても、直に賃貸契約を解消し返還を求める事は非常に困難です。
　　高い立ち退き料等を要求されます。借り手が、自分の居住用としていれば、更に返還が難しくなります。

　　これをなるべく借り手にある程度制限を掛ける「定期借家契約」制度を利用します。
　　例えば、契約期間に2年限りと制限を付け、期間終了後は借主は無条件で返還する。
　　2年後も継続する場合は改めて新規契約する。　と言うものです。
　　借り手は、2年限りとなりますから、賃料等の条件は当然安くなります。
　　出来る限り、居住用には使用しない、飲食の活用、風俗業等の制限も特約を入れる事です。

　2、貸し室にする場合は、大家としての責任が有ります。建物・設備の維持管理が重要です。
　　　設備（給排水、電気通信、換気など）の維持、防犯防火セキュリティ-（正常稼働）

　3、借り手が、付加する造作、設備、内装、間取り変更、エアコン、看板などを事前に協議し、契約終了時に原状に復帰する事を
　　　詳細を決める事が大切です。契約終了時に、トラブルが多いのです。

　4、これらを、保証するため、保証金、敷金を決める。

　5、万一、賃料不払いなどの保証するため、確実な「連帯保証人」や保証会社の保証を求めます。

これらの事項は、不動産業者の仲介依頼時に、述べると良いでしょう。
不動産業者への丸投げは、詳細な詰めで手を取られたくない業者は、省略しますから要注意です。

空室の有効活用をしてください。