不動産コンサルタント　＆　FP　の野口です。

　もあい様は、兄上様が経営する会社の従業員(社員）としての立場であることを
　前提として、述べさせて頂きます。

　現在もあい様が個人所有する土地に、勤務する会社が倉庫兼社宅を建設し、もあい様が
　その社宅をもあい様が賃借する事の場合の手続きと費用負担について考察します。

　１、土地を会社に貸し出す契約＝建物を建てる事を条件として。
　　　「土地賃貸借契約書」（貸主：もあい、借主：会社）が必要です。
　　　　建設資金は、全て会社負担。建物所有権は会社とし土地の賃料は、相場相当で会社は支払う。
　　　土地に関して、維持する費用（固定資産税等）は、もあい様が負担。

　2、２Fの住宅部分の扱い。
　　会社は、もあい様（従業員）の福利厚生施設の扱いとし、社宅として入居する事を認める。
　　もあい様は、社宅料を毎月の給与支払い時より控除<天引き>して、会社に支払う。
　　
　　社宅料の額は、住居相場より安いと、給与の支払とみなされ課税されるます。
　　詳しくは、国税で線引きしています。
　　　https://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2597.htm
　
　　当然、建物（1F、2F）の所有、維持は会社にあります。

　従って、土地賃貸と社宅扱いを別物として、キッチリされる事です。

　3、将来、社宅部分を、会社より購入する事は、前述の通り扱われて居たら、
　　買取は、容易です。
　　買取価格は、自由に交渉してできますが、時価<相場〉より低すぎると、
　　買主に贈与、又は給与とされます。逆に、高いと会社は、売買益当が生じます。

詳しく、個別のことは、こちらへ　---　http://www.iriscon.co.jp

　もし、もあい様が、会社役員としての立場になった時、また現在役員である場合は
　会社の扱いも異なってきます。