不動産コンサルタントの野口です。

romance様が購入予定の土地に、売買契約前に「地中障害（古井戸埋め立て、コンクリート管）があると事前に売主側から、告げられている事は、不動産売買において、売買契約後これが後日判明すると、「瑕疵のある土地」とされ、売主はその損害を補てんするか、買戻しをしなくてはなりません。

ですので、予め売主、不動産業者は買い手側に告知して来たのです。これを買主（romance様）が承知して購入する場合は、前項の瑕疵責任を売主側に追及する事が出来ません。
必ず、「重要事項説明書」にそのことは売主側は記すと思います。

A、これを承知して購入した場合のリスク。
通常の住宅(木造、軽量鉄骨）では、基礎は約１Mの深さで支障は少ないと予測しますが、これが露出し、住宅建設に障害が出るリスクを覚悟しなければなりません。自己の責任と費用で3～5ｍ掘り出し埋め戻す必要があります。----このリスク分を値引き。

B、購入前に、売主の負担と責任で事前に除去を条件とする。

C、売買契約書に次のように記す事も一案です。
　住宅建設で、これが発見され、除去する必要がある場合は、売手がこれに要する費用を負担する。(3年以内に）
　
売主が言うように、古井戸は最も簡単に容易に無くするのは、上部の囲いを取除き、下部の井戸部分を土で埋める方法が取られています。昔は各戸に井戸がありこれを取り除くには費用が多くかかりますからこの方法が多い。

もし、この土地に、鉄筋での重量のマンションなどを建設する場合は、必ず、地質調査（ボーリング）をしますから、軟弱地、地中障害等の内容が判ります。

軟弱地、地滑り予想地などは、市区町村の行政機関に「ハザードMAP」が都市地域では有ります。これも参照しましょう。

これらが、調整出来ないようでしたら、価格、コスト、リスクと合わせて検討し、土地購入契約は見送りましょう。