不動産コンサルタントの野口です。
clean様が、問題にされている点は、大きく3点あると思います。
1）更新料の不払いの扱い。
2）賃料の減額対応
3）雨漏れによる責任

○更新料の不払い---契約書に契約更改時には更新料を支払う。記載してあれば、借主は支払う義務があります。これが記載されていなければ更新料を請求できません。一方的に、他の事例を持ち出し、不払いは契約違反で「賃貸借契約違反で解除に値します」。現在、更新料は賃料の1～2ケ月分程度であれば、過大ではないとされています。

○賃料の減額し一方的に減額した賃料を振り込んできた場合、不足分を請求する権利があります。
それでも尚満額支払ない場合は、「支払家賃を供託」する方法もあります。現状の家賃が近辺の家賃相場とかけ離れて高くない場合は、有効です。

○老朽化によって、雨漏れがしている場合は、貸主として修繕の義務が生じます。

以上が、結論ですが、（相手の会社経営の困窮やclean様方の借りれ返済等は、直接関係はありません）

双方が、よく話し合い、夫々の義務を果たすことを確認しあうべきです。感情的になると貸主が多くの場合損害が広がる傾向にあります。

雨漏れを放置して（貸主の義務）おくと、とんでもない損害賠償を吹っかけられる恐れがあります。
この修理と、更新料、減額家賃、借入返済等を勘案し、総合的に契約を維持するか、解約し退去させるかよくご判断ください。専門家の意見を聞き早めに手を打つべきでしょう。