貴社が使用されている名前を、A社が商標登録したということです。

A社の登録商標が問題になるかどうかは、その登録商標が使用されるべき、商品・サービスが貴社の取り扱う商品・サービスと同一または類似かということによって判断するべきでしょう。

商標登録は、名前やマーク(標章)について与えられるのではなく、名前やマークと、それらを使用する商品・サービスとが対となって登録されるからです。

まず、商品・サービスが同一でもなく類似もしないのなら、問題となることは当面のところ無いと思われます。

商品・サービスが同一・類似する可能性がある場合、以下の点に留意された検討をお勧めします。

(1)商品・サービスが同一・類似の可能性がある場合、貴社が1997年から当該名称を、当該商品・サービスに使用していたことを示す、例えばドメインネーム申請書、ドメインネーム通知、領収書、広告、請求書、ウェブページへのアクセスヒストリ(アクセス数を立証し、使用実績・周知性などを示すために効果的かと思います。)などを準備され、今後商標権に関連して連絡があった場合に先使用権を主張できるように準備することです。

(2)貴社の名称が、インターネットでのアクセス数や地域的には周知されていると考えられる場合、A社の商標登録について、登録異議申し立て・無効審判を請求することもできると思います。

(3)例えば、今後、A社の名称が周知・著名になった場合、商品やサービスの同一・類似性を超えて、不正競争法による差し止めが請求される場合もあります。このため、登録異議申し立て、無効審判や不使用取り消し審判などの請求可能性を検討しておくことも良いと思います。

最後になりますが、今後A社から何らかのコンタクトがあった場合、以上(1)〜(3)の点を踏まえて誠意的に交渉することをお勧めします。