以下、ご質問内容の項目毎に簡潔に説明させていただきます。

○商標登録の手続的流れ：
（イ）登録したい名称や図形を決め、商標を使用して提供するサービスや商品を決めます。
（ロ）決めた名称、図形、指定商品・役務を元に先行技術調査を行ない、先行技術調査の結果先行商標がないと判断された場合、特許庁に出願をします。
（ハ）商標の場合には概ね６ヶ月〜１年程度で特許庁から最初の通知がされます。
（ニ）登録査定であれば、そのまま登録されます。このとき、成功報酬＋商標登録料（特許庁に支払うべき金額です）がかかります。
（ホ）拒絶理由通知であれば、それに対して応答案を作成し、特許庁に意見書・補正書というものを提出します。
（ヘ）この応答が認められると概ね６ヶ月程度で登録査定が通知され、（ニ）の手続に分岐します。以上が概ねの手続の流れです。

○出願手続、書類作成：
私のお客様で、ご自分で商標登録している方もいますので、不可能ではありません。願書の様式、具体的な問合わせは、以下の特許庁ＵＲＩをご参照下さい。
http://www.jpo.go.jp/quick/index_sh.htm
指定商品・役務については、以下の電子図書館ＵＲＩに記載されているものから選択することができます。
http://www.jpo.go.jp/shiryou/kijun/kijun2/ruiji_kijun9.htm

○商標の登録の費用：
それぞれ以下の特許庁ＵＲＩおよび日本弁理士会ＵＲＩをご参照下さい。
（特許庁費用）
http://www.jpo.go.jp/quick/index_tokkyo.htm
（代理人手数料）
http://www.jpaa.or.jp/commision/pdf/tokkyojimuhousyuuankt_20030530.pdf

○ｗｅｂサイト名称登録の留意点：
ｗｅｂサイトの名称は、検索対象にされるものと思います。サイト名称が提供する商品・サービスを直接示すものである場合、登録要件との関係で、図形などと組み合わせることも有効です。