大阪で設計事務所をしています。

木造住宅の場合、２”ｘ４”も同じですが、柱の耐力よりも壁の量で耐力が決まる事の方が多いです。唯一柱が土台にめり込む検討を行う際に、一件の家で１～２箇所４寸柱を使用しないともたない部分が出てくるかと思います。これは全て壁の取り方、間取りの決め方に由来します。
3.5寸柱を使う業者さんでもしっかり構造計算をして下されば問題ありません。ただ、木造で二階建ての場合、構造計算と説明しながら、実際は単に壁の量だけを計算する壁量計算で済ませる場合もあり、その場合ですと柱のめり込みの検討等は行いませんので危険です。
「構造計算と云うのは許容応力度計算を行うと言う事ですか？」とはっきり確認しましょう。
壁量計算も建築基準法に明記された計算方法ですので、それ自体違法ではないのですが、昨今の様に地震が多発しますと、人の生命を守る為の最低の基準を定めているに過ぎない建築基準法だけでは心もとなく感じます。
これから造る家は木造住宅と云えども、許容応力度計算を行うか、住宅性能表示制度に規定される耐震等級を高等級なものを目指されるか、いづれかの手段を選ばれた方が良いかと思います。

業者さんの説明された、「構造計算的に必要なところには金属を使用するが、基本は木（ほぞ？）を組み合わせる）を使用する」と云うのは、単に在来木造軸組工法で、特殊な金物工法を用いません。と言う意味で特に特別なことは言っておられません。