はじめましてほだいじゅ様　FPの山宮と申します。

会社から思わぬ事を言われて困りましたね。

まず、育児休業中は雇用契約が続いていますので、社会保険の適用は法定通り
となります。
従って育児休業中であっても第二子の方も扶養認定が可能のはずです。

ここで関わってくるのは、扶養の認定要件となります。
共働きの場合は、収入の多い方に扶養を入れるのが原則です。
ただし、収入が少なくても実質的に生計を維持している場合には、収入の少な
い方に扶養を入れることもあるようです。
扶養の認定要件については、健康保険組合毎で運用基準が異なる場合がありま
す。

少なくとも健康保険組合がすでに扶養に入れている第一子の方やお父様につい
ては、扶養をはずす必要がないと言っているのでそのままにしておいてよろし
いのではと思います。

逆に、第二子の方も扶養に入ることが出来ないのかを再度健康保険組合に直接
確認をされたらいかがでしょうか。

認定するのはあくまでも会社ではなく健康保険組合になりますので、健保組合
が良いと言っていることを会社の担当者が否定するものおかしな話になります
ね。
また育児休業中の健康保険料はぼだいじゅ様がおっしゃる通り、本人も会社も
納付免除となりますので、会社側にとって経費上の不都合はありません。

不都合として考えられるのは
・健康保険組合側としては、被扶養者が増えれば病気等で医療機関にかかる
　対象者が増える可能性があるので、病院側への支払が増えて財政圧迫の要素
　とはなります。
・すでに扶養に入っているお父様や第一子のお子様を扶養からはずすことで健
　保の財政負担が少なくなる可能性がある。
・扶養者に対して給与上の手当(家族手当など)が支給される会社では人件費の
　増加要素となります。

あたりでしょうか。

もし納得できない場合は、会社の住所地を管轄する社会保険事務所で相談か確
認をされる方法もあります。

まずは健康保険組合に再確認してみましょう。