はじめまして。東京多摩地域で建築設計に携わっている大沼と申します。
　中古として購入時にツーバイフォーの制約に気づかず、残念悔しく思った上で諦めきれずのご相談と推察し、やや遅れましたが、少しでもお力になれればと思い回答させていただきます。
　補足のコメントにもあるとおり、ツーバーフォーでは面材を外して骨組だけにしてしまっては耐力壁になりません。ツーバイフォーは柱や梁が無く、縦横補強された面材の組み合わせで重力（垂直方向）や地震力（水平方向）に抗しています。それだけにツーバイフォーのリフォームは難しいと広まっていますが、ルールに則ればリフォームの可能性はありえます。
　構造上バルコニーが2階床面より高くなってしまうのは避けられそうもありませんが、それ以外は中途半端な改修に甘んずるより、ツーバイフォーのリフォームを得意とする会社を丹念に探してご相談されてみてはいかがでしょうか？　会社の良し悪しは、構造計算を厭わず、かつ結果を素人にも分かりやすく説明できるか否かあたりがポイントになりましょう。面積減は一見構造的に良い方向と思えますが、3階建てということもあり、各階の重量バランスの変化が耐震性能に大きく影響するかもしれませんので。
　工法以外では、バルコニーでのプールについて、給水だけでなく排水についてもルートや防水に配慮すべきと思われます。
　少しでもお住まいがご希望に近づくことを願っております。