soutan様、はじめまして。
ファイナンシャルプランナーの森本直人と申します。

お尋ねの件、税務上の子供の扶養控除は、夫か妻のどちらか一方で受けられます。源泉徴収票は、「扶養親族の数(配偶者を除く)」の欄の記載で確認できます。

ご主人は住宅ローン控除適用で源泉徴収税額は0円、妻が90000円程度とのことなので、妻の扶養にするほうが、トクと思われます。ご主人の側で適用を受けていないことが確認できれば、妻の年末調整か確定申告で適用が受けられますので、詳しい手続きは、会社か税務署にお尋ねください。

余談ですが、住宅ローン控除は、所得税のみの特典で、これまでは住民税での適用が受けられませんでした。しかし、税源移譲で、所得税の税率が下がり、住民税の税率が上がったため、今までよりも所得税で住宅ローン控除を受けられる金額が少なくなるケースが生じました。

このため、その経過措置として所得税から控除しきれなかった部分について翌年度の住民税から控除できるようになっています。(但し、平成11年から平成18年末までに入居などの要件あり)

具体的には、翌年3月15日(平成20年度は、3月17日)までに、住民税の住宅ローン控除を受けるための申告書をお住まいの市区町村に提出する必要があります。詳しくは、お住まいの地域の区役所などでお尋ねください。