オフィス・アースワークスと申します。

分筆と分割の違いですが簡単に言いますと、分筆は登記簿上での変更になります。
分割では登記簿はいじりません。権利関係を分ける事が必要であったりメリットが
ある場合は分筆になります。
銀行でローンを組むときは権利関係は重要になります。
また、分筆した場合に名義を変えると贈与税がかかる場合があるのでご注意下さい。
特に権利関係をいじる必要なければ分割で大丈夫です。

確認申請を出す場合、建築基準法上ではどちらでも構いません。
どちらの場合も、建築基準法上では土地は別れています。
また、それそれの敷地が道路に2m以上接道する必要があります。

分筆でも分割でも、ご実家のほうが土地を分けた後の広さや高さ規制
の関係で基準法違反になる場合があります。
（例えば、建ぺい率や容積率が分割後の敷地面積からするとオーバーになる場合）

この場合は、「既存不適格」という状態になります。
だからといって、それをどうこうしよ、とは言われません。
建て直しの時は、新しい土地の大きさで建ペイ・容積が決まるので現在より
小さい家になる可能性が出るだけです。
ただし、家に関するなんらかの補助金（例えば耐震改修）などを受ける時に問題
になる可能性はあります。

ご質問者の場合は、100坪の敷地ということですので大概は大丈夫だと思いますが。