北海道、旭川市で行政書士をしている小林と申します。

ご相談の件についてですが、

今回、一度長男の方に相続されますので、
「実家は長男が相続する、但し、長男が実家を売却した場合は、実家の持ち分の1/2は次男が相続する。」ではなく、
「不動産は長男が取得する、但し、長男が実家を売却した場合は、売却代金から諸経費を除いた金額の1/2の額を次男に渡すこととする。」

当初の条件を条項にするとしても、以上のような表現が望ましいのではないかと思います。

ただし、

建物は年とともに老朽化します。
いずれリフォームなり解体しなければいけないときが必ず来るものと思います。

そうすると、仮に、長男の方が費用をかけて改修した後に売った場合の対応もできませんし、解体した場合はどうなるかも不明です。

また、建物の価値は年々下がりますし、土地の価値は上下するものと思います。

そう考えると、同様の条件を付けるとしても
「不動産は長男が取得する、但し、長男が相続登記後○年以内に不動産を売却した場合は、金○万円（おおよそ現在の不動産の評価額の1/2の額、あるいは双方合意の任意の金額）を売却後○か月以内に次男に支払うこととする。」

というような条項の方が現実的ではないかと思います。

協議書は当事者の合意のもとで作るものです。
御兄弟でよく話し合って満足できる遺産分割協議書を作成してください。

不動産の相続登記を司法書士に依頼する予定でしたら、依頼予定の司法書士の方にも相談されると良いと思います。