はじめまして、マンション管理士の市川と申します。
突然の漏水事故でいろいろご心労のこととお察し申し上げます。

「全体で100万かかり、半分はマンションの管理組合の保険から出る」とのお話でした。
原因箇所が専有住戸内にあるならば、本来全額がクッカバラさんのご負担になるところでしたので、今回は管理組合の理事さんに多少助けられたのかもしれません。

今回は先ず、階下住戸から漏水被害の申し出があり、管理組合の理事さんが管理会社を経由して、工事業者に原因調査を依頼し確認したところ、原因箇所がクッカバラさんの台所の水回りであることが判明したという経緯ではないでしょうか。

察するに全体見積額が100万円のうち約半分を漏水原因調査に掛かった費用として算定し、管理組合加入のマンション保険の漏水調査費用特約を以て補填することにしましょう。としたのだと思います。

「個人の好みでつけていた腰板までこちらが負担しなくてはいけないのでしょうか、どうも納得がいきません。」とありました。
相手に及ぼした被害は補償せざるを得ませんし、住戸内のきれいに内装するのはその方の自由です。高価な家具、クロス、音響製品、電子機器を置いている住戸もありますので、今回の事故で什器備品類にまで被害が及ばなかったをむしろ幸いに思ったほうが良いように思います。

ポイントは、今回の階下住戸の内装工事の内容が、もし現状以上にアップグレードさせる内容であるなら、クッカバラさんがお感じのとおり「補償は原状回復の範囲まで」の旨、工事業者さんの見積もり内容を確認のうえ、先方に申し出れば良いと思います。

ただし工事内容が原状回復の範囲ならこれは補償しなければいけません。

今回、突如発生してしまったクッカバラさんの損害賠償責任は、誰にでも起こり得ることですから、以降は「お互い様の精神」で今までどおり同所にお過ごしされれば良いと思います。

尚、このような損害賠償責任を補填するために、個人賠償責任保険（特約）があり、クッカバラさんがお入りの既存の普通障害保険や火災保険、または、保有されているクレジットカードにこの特約が付いている場合があります。

ご自身の損害賠償責任はご自身の保険で賄うよう、早々に確認されることをお勧めします。