ハッピーハウスの真山(さのやま)です。

不動産の登記に関しては、お金の出資割合に応じて、持分の登記を行います。
つまり、お金の支払対価として、その金額相当の権利(登記持分)を得ます。

住宅ローンによる借入部分は、その債務者が出資したと見なされます。
例えば、不動産本体価格2000万円の中古マンションを
ご主人が債務者として2000万円の住宅ローンを組んで購入した場合、
ご主人の出資割合が100%となります。
当然、ご主人の単独(100%)名義にしないと贈与税の課税対象となります。
奥様が連帯保証人となっていても、連帯債務者となっていないのでなければ
住宅ローンでの借入金額は、ご主人が出資したものとなります。

今回、おそらく住宅ローンで組んだ金額(1)と
物件本体価格から住宅ローンで組んだ金額を差し引いた金額(2)
の割合(1):(2)が、登記の割合である5:5になっていないのだと思います。

ちなみに、自己資金に関しては、実体として、
夫婦のどちらが出資したのか分からないのが実情です。

あくまでも資金的な出資割合と登記割合の問題で、
住宅ローンの申込み書に記載した年収は関係ありません。

不動産売買契約書の本体価格と住宅ローンの借入金額を確認して、
登記の持分割合と比べてください。

もし、勘違いや間違いで持分割合が想定と違う場合は、司法書士等に相談して、
更正登記等を検討することになると思います。

少しでもお役に立てれば幸いです。