現在、家（注文住宅）の新築を考えている者です。

プランや仕様もほぼ決まり、あともう少しで契約、というところまで来ています。先日、契約を結ぶ予定の工務店より「工事請負契約約款」を受け取り精査してみたのですが、通常の契約約款に記載すべき項目が無かったり、項目の記載が不十分だったりしていることが判明しました。

施主側に不利になるためこのままでは契約できない、と思い、「民間連合協定工事請負契約約款」等を参考に自分で作成した「修正案」を工務店に送って約款の修正をお願いしたところ、「現在まで、弊社の全てのお客様に使用してきている約款で、この約款を修正、変更することはできない」「どうしても追加をして欲しいということであれば、内容を社内で検討した上で、契約に『特記事項』として記載することは可能」という回答を得ました。

約款に記載できなかった内容を「特記事項」として契約に書いた場合、何か起こった場合の法的な扱いは、約款に書いた場合と同じと見なされるのでしょうか？
また、約款への「追加」事項であれば特記事項として書けると思うのですが、現在の約款の内容とは異なる内容のことを「特記事項」に書いた場合、もちろん約款が優先される訳ですよね？　だとすると、約款を変えない限りは、特記事項ではカバーできないということではないでしょうか？

工務店側の対応に若干の不信感を抱いているのですが、「建築条件付き」で土地を契約しており、その土地を買う以上はこの工務店に建物もお願いせねばならないのです。土地は立地、条件とも非常に気に入っており、これ以上の条件の土地は恐らく見つけられないと思っています。

上記につきご教示いただけると幸いです。