ハッピーハウスの真山（さのやま）です。

個別の税相談等については、税理士、税務署等にご相談ください。

不動産登記は、お金の出資割合に応じて共有持ち分を設定します。
お金を支払った分の持ち分を取得するだけの話です。
仮に、登記の持ち分とお金の出資割合に差異があれば、
その差分は贈与税の課税対象となる可能性があります。

また、住宅ローン控除に関しては、
対象となる不動産に対する借入に対して適用されます。

今回、土地に関しては、原則どおり、
夫婦で半分ずつ費用を負担して、
半分ずつの登記持ち分となっています。

建物については、持ち分を夫婦で半分半分とするのであれば、
「つーかん」さんの住宅ローン控除の対象となる借入は、
「つーかん」さんの物件の本体価格までとなります。
建物総額が2500万円で、持ち分が２分の１となると、
「つーかん」さんの持ち分に対する不動産の取得価格は、
1250万円となります。

したがって、住宅ローン控除の対象となる借入は、
2000万円ではなくて、2000万円のうちの
不動産取得価格分である1250万円が対象となります。
したがって、対象の年末残高については、
金融機関からの年末残高証明の残高に
1250/2000をかけた金額となります。

また、登記持ち分に関してですが、
金額ベースで、「つーかん」：奥様　＝　９：１
（2500万円中「つーかん」さんが2250万円、奥様が250万円）
の割合となっていながら、登記持ち分が１：１と
なってしまっているので、金額ベースでの割合との
その差分の持ち分をご主人から奥様に贈与した形となり、
贈与税の課税対象となります。

本来であれば、持ち分を決める際に、
不動産業者、工務店、司法書士のだれかが
アドバイスをすべきだったと思います。

今後の実務的な流れについては、
夫婦間の持ち分割合についてこだわりがないのであれば、
登記の方を錯誤で持分を更正してもらうのが良いと思います。
（購入した時に間違って登記してしまったとします）

夫婦間なので、お二人でも申請はできますが、
登記に不慣れであれば、多少費用がかかったとしても
司法書士に依頼して直してもらうのが良いと思います。

建物の登記持ち分を、１：１から９：１に直してもらえれば
住宅ローン控除の対象借入として、2000万円は適用となります。

少しでもお役に立てれば幸いです。