はじめまして。

北浜総合会計事務所　税理士の松本佳之と申します。

ご質問の件について回答いたします。
給与所得者の2回目以降の住宅ローン控除は、勤務先の会社が年末調整で行ってくれます。会社に年末調整で処理しもらうために、''会社に''''「住宅借入金等特別控除申告書」''とその証明書類として住宅ローンの''「年末残高等証明書」を提出''してください。

この「住宅借入金等特別控除控除申告書」は、前回の確定申告で控除証明書の送付を希望していた場合には税務署から自宅に送付されてきます。自宅に送付されてこなかった場合は、住所地を管轄する税務署長に「年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」で交付の申請を行い、交付してもらってください。郵送でも可能です。

交付申請書の様式など
[国税庁]年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請手続

「住宅借入金等特別控除申告書」の記載のしかたは下記の国税庁ホームページを参考にしてください。住宅ローンの年末残高などを記入すればよく、それほど複雑なものではありません。

[国税庁]平成21年分　年末調整のしかた-(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書の受理と内容の確認　設例2(PDFファイル)
(連帯債務者がいるケースですので、そうでない場合は注意してください。)

会社の年末調整までに上記書類の提出を行わなかった場合は、確定申告で行うこととなります。
「住宅借入金等特別控除申告書」が入手できていないようでしたら、早めに交付申請を行うことをお勧めします。