geranium様はじめまして。
　社会保険労務士の平松　徹と申します。ご質問の件回答させて頂きます。

　マッサージ店の経営者と施術者の間で委託契約が結ばれることは一般的なことです。その場合歩合制をとることが多く、施術者が４０％～５０％程度の割合で歩合を受け取る設定が多いようです。
　しかし、geranium様のように委託という形態で時給制というのは少しおかしいですね。（補足に詳しく記載します。）

　また、経費を請求されるということですが業務委託の場合、マッサージをする場所の使用料、設備・機械使用料ということで経費の支払いがあることもあるようです。金額等については､経営者の方とお話しをされたらよいと思います。

　＞準備時間と施術時間と時給が違います。雇用になった場合、時給の統一と交通費の実費支給をお願い出来るのでしょうか？交通費は所得税外らしいので、できれば実費受け取りたいです。

　雇用の場合の時給についてですが、時間帯による時給の変化というのは労働基準法に抵触しません。例えば、コンビニや外食チェーンなどでは深夜のほうが働き手は少ないので時給が高いというような現象が見受けられます。

　交通費に関してですが実費で支給もしくは一定額まで支給される企業が多いですが、法律的（労働基準法）に交通費の支払い義務はありません。
交通費の支給の有無、金額については経営者が自由に決めることができるというのが現状です。
　実費の交通費請求・時給の統一については経営者の方との話し合いが不可欠です。

　＞勤務している間にも給料システムがころころ変わりました。その提示にＮＯと言ってもいいのでしょうか？

　労働契約法には、給料などの労働条件について､文書で労働者に出すことが義務づけられています。給料システムがころころ変わることは､法律に触れるかどうかはともかく、好ましいことではありません。　　　　　　　　　　
　労働基準法では､労働条件が低下すること原則禁止されています。
　給料システムが頻繁に変わるようですと安心して働くことが出来ません。提示にＮＯということは難しい場合も多いと思いますが、上記を踏まえ経営者の方とお話しされるとよいと思います。

　以上になります。なにかわからないことがありましたら気軽にご相談下さい。

　社会保険労務士　平松　徹　http://www.iso-hiramatsu.jp/