こんばんは。パウダーイエローの稲垣史朗です。

今回の巨大地震における因果関係からの損傷で有れば、施工会社に対しての「無料」の保障は極めて難しい問題であると思います。
状況が４４棟中の２件だけとありますが、他の家も詳細を調べて見ると必ず違う部分に何らかの「損傷」が有るかもしれません。
また「瑕疵」についてご相談されていますがクロスのひび割れなどの瑕疵はせいぜい１～２年程度では無いかと思います。今の施工会社は有る意味においてかなり良心的な会社とお見受けできますので、ここは一方的に施工会社に責任を覆いかぶせる事では無く、あくまでも良心的に対応して頂けるところまでを有りがたく受け止めて、その他に関しては、地震保険で相談されることをお奨め致します。
ちなみに一度契約されている地震保険の契約内容の「約定」詳細をお読みになることをお奨め致します。

元来、保険の類とは「約定」の詳細を自身で読むと言う行為は大方の人達が読まないものと認識していますので、この機会にぜひ内要確認をされることをお奨め致します。その上で保険会社と相談されることをお奨め致します。

最後に一つだけご理解頂ければと思いお話しをさせて頂きます。richerd2010さんが購入された家は紛れもなくご自身の財産ですが、今後如何なる事情でトラブルが発生するかは誰にもわかりません。
一つだけ言えることはご自身の財産である家は絶対的に永遠不滅ではないと言うことです。
いわゆる最初に述べましたように天変地異により、如何なる状況が発生するかは誰にも分らない事であり常にその様な状況下にあると言うことです。