ちよさん、こんにちは。
山内と申します。

どなたも回答をしていないので、心配になり、少しでも助けることができればと思いました。

定時が9:00～17:30(休憩45分)ということですので、
所定労働時間は、7時間30分となりますね。
また、法定労働時間は「労働基準法」で決まっており、8時間です。

ちよさんは、管理職ではない正社員でしょうか？
管理職の場合は、会社によって残業代が出る場合と出ない場合があり、就業規則で定められています。

また、年俸制、みなし労働制、裁量労働制、固定残業代などで、特に残業代が出ない立場もあります。もしくは、業種によって、残業が出ない仕事もあります。

雇用契約書をよく見て、ご自身の契約内容と就業規則を見比べて、まずはよく確認してみてください。

さて、「申請しないと残業扱いされず」と書かれていますので、ちよさんは上記のような立場ではなく、正社員で、残業代が出る立場の社員だという仮定でお話しします。

ここで、残業を考えるうえで、2つポイントがあります。

１）1日8時間を超えた労働時間は、「法定時間外労働」となります。
２）1日7時間30分～8時間までの30分は、「法廷内残業時間」となります。

１）でしたら、いわゆる残業時間に当たります。
２）の30分の扱いは、就業規則か労働契約書に残業時間について書かれていると思いますので、確認してみてください。
きちんと調べたいなら、就業規則が良いと思います。
ちなみに、就業規則は社員に対して周知義務がありますので、見せてもらえないようでしたら、必ず請求してください。

また、会社の規則によっては、定時から残業開始まで30分の休み時間が設けられていたりなど、考え方も複雑になりますのでご注意ください。

タイトルにも書いたように、本当に残業をされたなら、残業代は請求してかまいません。
2年前までにさかのぼって請求できるようです。
いつ、どのくらい働いたのか、証拠となるものはきちんとそろえてください。
会社のパソコンを使っていれば、起動時間、シャットダウン時間のログも残っていますので、それを使うのも有効です。

できれば、社会労務士さんか弁護士さんに相談されるとよいかと思います。

もし転職されたなら、次の会社ではきちんと残業時間を申請してくださいね。
ただ、残業は上司からの命令によるものなので、上司の命令がなければ残業はしなくてもよいのです。
ですから残業をせずにさっさと帰りましょう。

頑張ってくださいね。