大まかにお答えすると、住宅性能保証制度が任意だったものに対して、住宅瑕疵担保責任保険は10/1以降の引渡し物件からは住宅瑕疵担保履行法により加入が義務づけられたということです。保証される内容はあまり変りは無いので、性能保証から保険制度に昨年の6月くらいから切り替わっています。
今までに任意だったものが、強制になるのでいろいろな弊害もあります。
従来の住宅性能保証制度を利用するためにはまず施工業者が登録事業者にとなり保証会社の施工指針に基づいて施工しなければならなかったのですが、どんな施工業者でも保険会社は加入を原則拒むことができなくなり、業者のふるいわけができなくなりました。
住宅瑕疵担保責任保険を取り扱っている会社は性能保証制度を行っていた会社以外にも何社かありますが基準や検査回数などある程度統一され、検査の回数が減ったり(雨漏りの事故が多いのに防水検査が無くなってしまった)地盤については保険制度から切り離し、オプションになってしまいました。
保険制度に変り全棟加入が原則なので下のレベルはあげましたが上のレベルをさげてしまったとも考えられます。建築全体のことを考えれば良くなったといえますが、御質問のメリットがあるかとの御質問に答えれば、『ありません』としかいえないと思います。
保証される内容がどうかというよりも、保険を使うことのない建物を建てることが重要だと考えます。