はじめまして、請負契約におけるトラブルについて色々調べてみて、このサイトを見つけまして、
早速質問させて頂きます。
　2010年4月からフリーランスとして働くことになり、４月後半から６月末日まで契約元の会社から
作業先の会社で通常とおり作業を行っていました。契約書及び注文書には契約期間が2010年6月30日と明記されており、7月以降について”延長の可能性あり”のみと記載がされ、本契約期間の評価良ければ契約を延長する可能性があるとのことでした。
　この契約について、延長しない旨を会社に伝えたところ、連絡が遅く（厳密には１３日前）契約違反である。作業先の会社からもペナルティとして６月分を支給しないと連絡があり、契約元の会社としては、６月通常とおり勤務しているので半額は支払うと連絡がありました。
　この処置等について質問というか専門家としてのアドバイスを頂きたいと思います。
・ペナルティとして契約満了した契約を変更することができるのか？
・契約を延長しなかったペナルティとして契約金の半額になるものなのか？
・契約の変更に承認しなければ会社は契約書の記載にあるように損害賠償を請求すると言っているが
　契約満了後でも可能なものなのか？
本件に対する会社の対応にまだ色々不満があり質問したいのですが、今週中に返事を求められているので、取り急ぎこの契約変更についてどのように対処してよいかアドバイスをお願いしたいと思います。
限られた文字数で内容が伝わりにくいと思いますが、何とぞ良いアドバイスをお願い致します。