Nadeさん、こんにちは。
ご質問は、ドイツ在住で日本向けにbioのハーブティーや珈琲、スパイス、調味料などをネットショップにて販売する際の手続きについてですね。

以下、順番にお答えいたします。

1.ドイツ在住で日本向けにネットショップで販売する場合は、日本での開業届は必要でしょうか？
日本に住民登録がないのであれば、日本での開業届は不要です。

2.日本での諸手続き（口座管理、返品処理、売上管理など）は日本にいる家族にしてもらう予定です。
その場合は、何か手続きが必要でしょうか？（開業届が必要なら、その際に家族も従業員として登録し
ておくなど）
日本での開業届は不要ですが、Nadeさんのご実家から購入者のもとへ発送したり返品等を送付してもらう場合があるとのこと、また、口座管理、返品処理、売上管理等の諸手続きを日本にいるご家族がされるということですので、日本国内にも拠点があるとみなされるかもしれません。
日本国内に住所も１年以上の居所も有しない非居住者については、日本国内で稼得した「国内源泉所得」のみが課税対象とされます。 但し、非居住者であっても国内において行う事業から生ずる所得については、「恒久的施設」を持たない非居住者の場合には、非課税となっています。
Nadeさんが日本で所得税等が課税されるかは，日本での諸手続きを行うご実家が恒久的施設に該当するか否かによります。
この点につきましては、実態等を踏まえた微妙な判断が必要ですので、事前に課税庁にご相談されることをお勧めいたします。

3.売上金が日本の口座に入金される場合、いくら以上で、確定申告が必要になるのでしょうか？
上記、2で述べましたように、日本での諸手続きを行うご実家が恒久的施設に該当する場合は、確定申告が必要となります。
どのような場合に確定申告が必要かについて、詳細は以下のサイトをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki2017/a/01/1_06.htm

但し、日本が各国と結んでいる「租税条約」によって異なるので、海外税務に詳しい税理士などの専門家にご相談いただくか、現地の税務局に問い合せてみられたらよいと思います。

4.成分表の表示など、ドイツ語表記のものは全て日本語で記載しないといけないでしょうか？
日本国内への販売が目的であり、消費者にも見やすく分かりやすい表示が必要ですので、表示言語は日本語になります。
海外から日本向けに食品のネット販売を行うには，食品表示法により，販売する食品に，名称，アレルゲン，保存の方法，消費期限，原材料，添加物，栄養成分の量及び熱量，原産地等を表示する義務があります。詳細は下記相談窓口にてお問い合わせください。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000144562.html
https://www.mipro.or.jp/Document/hti0re0000000vi2-att/pdf_publications_0100nimqa.pdf

5.食品を扱うことになるので、「食品等輸入届出書」が必要になるかと思いますが、それ以外に必要なものはありますでしょうか？
「食品等輸入届出書」とそれ以外の必要と思われる手続きにつきまして、以下に列挙いたします。
［食品衛生法に基づく輸入手続］
販売目的で食品を輸入する場合，食品衛生法に基づいて厚生労働省の検疫所に「食品等輸入届出書」を提出し，輸入届出を行って審査を受ける必要があります。輸入届出を行わなければ日本国内で販売することはできません。具体的な手続きの流れや必要書類については，厚生労働省の下記サイトに掲載されています。
日本の家族を通さずに直接購入者に送る場合は購入者が輸入者となりますので，購入者が販売目的ではなく個人使用目的であれば前述の届出は必要ありません。しかし，いったん日本国内の家族のもとに商品を送るのであれば，Nadeさんが輸入者となるため，販売目的の輸入として届出が必要になります。
審査の結果，不合格となると輸入貨物の廃棄等のリスクが生じますので，事前に各検疫所の相談窓口でのご相談をお勧めします。
また，Nadeさんが販売する食品が，食肉や野菜，果物を使用する場合には，農林水産省の動物検疫所や食物防疫所に届出をして検査を受ける必要が生じることもあります。

〔営業許可〕
　食品をインターネットで販売するには，食品衛生法により，商品の発送拠点となる保管場所に，食品の種類に応じて保健所の営業許可が必要となることがあります。そのため，Nadeさんが食品を送るご親族のもとを管轄する保健所に，事前にご相談ください。


6.日本の商品をドイツおよびヨーロッパ向けにネットショップや現在事業しているカフェで販売する場合は、日本で何か届出は必要でしょうか？

販売目的で商品を日本から仕入れてドイツおよびヨーロッパ向けに移動させるのは、日本からの輸出にあたるので、通関手続きがあり、商品の金額や種類によっては関税が発生する場合があります。
輸送（輸出入）や通関手続きを行う専門業者に依頼する場合もあり、関税も含め、仕入れ額以外の費用が発生する可能性を念頭に置いてください。

7.個人輸入の場合は、特に手続き等は必要なく、注文が入れば購入者個人宛に直接送付して問題ないのでしょうか？その場合、1万円以下であれば税金も発生しないとの認識であってますでしょうか？
「個人輸入」の場合でも、一般の輸入と同様、「輸入通関手続」は必要となります。（税関：1101 輸入通関手続の概要（カスタムスアンサー）より。）
「個人輸入」の通関手続については、輸入する品物の輸送方法によって国際郵便物、国際宅配便、一般貨物に分けられ、それぞれ輸入通関手続が違います。（税関：3002 個人輸入の通関手続（カスタムスアンサーより。）
いずれにしても、外国から我が国に到着した貨物は全て、日本への商品の送付方法や代金の支払方法に関わらず、輸入通関手続がなされます。

「個人輸入」の「輸入通関手続」においては、関税と消費税が免税となる場合があります。
(1)まず、「個人輸入」における税額の計算方法ですが、海外での小売価格（購入価格）の6割程度の額としており、税関では、この課税価格をベースにかかる税率をかけて税額を決定しています。（関税定率法基本通達4-6-2より。）
(2)そして、課税価格が1万円以下の物品は、関税と消費税が免除になります。（関税定率法１４条の１８より。）
(1)と(2)を合わせると、もし、Nadeさんが取り扱う商品の売価が16,666円以下であれば、一般的に関税と消費税は免税にとなります。
但し、この免税ルールが適用されない物品もありますので注意してください。（税関：1006 課税価格の合計額が１万円以下の物品の免税適用について（カスタムスアンサー）より。

最後に、Nadeさんが事業を立ち上げるにあたっては、日本への発送方法や現地での税金への対応等、総合的に考える必要がありますので、事業を始めるに際しては、最寄りのJETRO（日本貿易振興機構）事務所等にご相談されることをお勧めいたします。
https://www.jetro.go.jp/world/europe/de/


今回のアドバイスを参考にして頂き、Nadeさんのオンラインショップが順調にスタートされることを祈念しております。