環の小坂です。

前提として、ＰＣサイトがあり、それとは別にスマフォサイトを作るということでしょうか？

質問の直接的な回答ではないのですが、下記のような観点が必要だと思います。

スマートフォンで検索をした場合、ＰＣ用の検索エンジン結果が出ます。
ですので、ユーザはＰＣサイトにアクセスするのですが、
スマホ用のページに切り替えることがあります。

その方法は大きくわけて二つあります。
・サーバーの設定
　1つは.htaccessでサーバーの設定によりリダイレクトをかける方法です。
　ユーザエージェントで、iPhoneとかandroidとかあるとリダイレクトするのですが、
　この場合は、サブドメインでもサブディレクトリでも問題はありません。
　ただ、この方法の場合、コンテンツを別々に作ることになるので、
　更新が多い場合には手間になると思います。

・cssもしくはjavascriptで切り替え
　もう一つはcssやjavascriptの設定で、ユーザエージェントに応じて
　見せ方を切り替える方法です。
　この場合は、ＰＣとスマフォサイトは共に同じＵRLになります。
　（ですので、サブドメインにもサブディレクトリにも出来ません。）
　この場合はコンテンツの管理はしやすいです。

このどちらの方法を取るかによりまず制約が発生します。

次に前者の方法でやる場合に、どちらがいいかですが、
ＣＭＳ等で内容を共通化したりとか、画像等を共有する場合、
サブディレクトリであれば、相対パスで書けると思いますが、
サブドメインだと絶対パス指定にするか、画像を別途保管する必要があります。

サブドメインにするメリットは対外的な見せ方ぐらいですので、
特に意味合いがなければ、サブディレクトリの方がいいと思います。
サブドメインにするとすれば、短いＵＲＬに出来るとか
サブドメインの名前をわかりやすくして覚えてもらうなどがメリットでしょうか？