ひみこんさん　はじめまして
　税理士の柴田博壽と申します。
　メインの勤務先においては、年末調整を行ってもらっているものと思われます。
　この場合の給与は、源泉徴収税額表の「甲欄」に記載された税額が適用されます。俗に「甲欄（適用）給与」とも呼びます。
　また、2カ所以上から給与支給を受けている人は、2カ所目以降分は年末調整ができないことになっていて、源泉徴収税額表は「乙欄」が適用されます。こちらは、「乙欄給与」と言い、「甲欄給与」と合わせ、通常、確定申告を要します。
　それでは、具体的な税額の計算方法について考えてみましょう。
　ひみこんさんの質問内容から「甲欄給与」が年収144万円となります。さらに「乙欄給与」があった訳ですが、年別の金額が特定されていません。
　そこで、「甲欄給与」に50万円から10万円刻みで増額した場合、それぞれの増加税額はどれくらいかを見てみることにします。（ただし、社会保険料控除、生命保険料控除が12万円、8万円と仮定し、合わせて「乙欄給与」における源泉徴収税額はなかった前提の計算によります。）その結果、「乙欄給与」の収入が50万円で39,600円、60万円で46,700円、70万円で53,900円、80万円で61,000円、また90万円で68,200円増加することになります。
　そして、納税をする時期ですが、平成24年分から28年分までの5カ年分についていづれも法定納期限（翌年の3月15日）はと過していますが、確定申告書を提出した日が具体的納期限となります。５カ年分で増加する所得税額の総額は、約３０万円と推認されますが、もし申告時点での即納が難しい場合、あらかじめ税務署の徴収部門で相談された方が良いと思われます。
　次にひみこんさんが懸念していらっしゃる「乙欄給与」の源泉徴収票の件です。
　確定申告には、通常、源泉徴収票は必須の書類です。税務署が「源泉徴収票がなくては計算できませんよ。」と言うのは、もっともなのです。収入金額はどのくらいか、源泉徴収税額があったのか、いくらであったのかが分からない訳です。
　しかし、「乙欄給与」の源泉徴収票がない場合においても給与収入が分かれば、先ほど小職がシミュレーションしたような計算で確定申告をすることは可能です。この場合、あくまで「乙欄給与」から源泉徴収された所得税はなかったものとして計算することになります。　ところが、源泉徴収税額を加味し、『増加見込み税額から控除して納税したい、もしかしたら、源泉徴収税額の金額次第では還付して貰えるのでは』というときは、源泉徴収票を入手しなければいけません。源泉徴収票の発行の依頼はしてみましたか？　また、発行して貰えない事情があるのでしょうか？
　もし、源泉徴収票を発行しなかった場合には罰則が規定されています（所得税法242条）。源泉徴収票不交付の届出書を税務署に提出すると税務署が源泉徴収票を発行しない会社の代表者を指導してもらえます。
源泉徴収票不交付の届出書の書式は国税庁HPにおいてダウンロード可能ですのでこれを添税務署に提出することから始めます。
https://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/hotei/annai/pdf/23100017-2.pdf
ご参考になれば幸いです。