かず1さん　はじめまして
税理士の柴田と申します。
早速ですが、所得税の確定申告書作成にあたって、収入金額となるのは、源泉徴収税額を控除する前の金額です。つまり、支払調書の「支払金額」が収入金額です。
確定申告においては、収入金額から必要経費を差し引いて所得金額を求め、この金額より、さらに各種保険料の他、基礎控除、扶養控除等の「所得から差引かれる金額」を差し引いた金額が課税所得となります。課税所得に対応の税率を乗じると1年間に収める所得税額が決定します。
しかし、この金額が即、納税額ではないですね。上記の所得税額から源泉徴収された金額との比較を行う必要があります。
源泉徴収税額が不足であれば、年税額と源泉徴収税額の差額を納税します。
また、逆に源泉徴収税額が多かった場合、多かった金額が還付されることになります。
極まれではありますが、年税額と源泉徴収税額が一致する場合もあります。この場合は、納税額も還付金もないということになります。
したがって、二重に課税や追徴が行われることはあり得ませんのでご安心ください。
なお、消費税課税事業者である支払者は、代金には消費税相当額を加算して支払うことになります。一方、受領者側は、本体価格と消費税相当額の合計額を貰い受けた場合、合計金額が収入金額となります。消費税課税業者であれば、消費税の申告を行い、一定の計算により預かった消費税に対応する消費税額を納付することになりますが、免税事業者は、「消費税」名目で受領してはいますが、事業収入の一部として受領していることとなんら変わりはないと考えていいかと思います。
ご参考になれば幸いです。