現在サイトが２つあるのですが、リニューアルを契機にサブサイトをサブドメインにして統合するべきか、このまま２サイトで運営していくべきか結論が出せず大変悩んでいます。

メインのサイトはビックキーワードで20位以内にyahoo,google共に表示される8年程度経過しているサイトです。３階層あたりまでは細分化されたキーワードである程度上位表示されています。インデックスはyahoo,google共に１万ページ程度、非リンクはyahoo　6万,google　1000になっております。ページランクは４で３も１００程度サイトに存在しています。

サブサイトは同じカテゴリに属するサイトですが内容が異なるため別サイトで運用を開始しました。ドメイン取得から1年程度、インデックスはyahoo,google共に２万ページ程度、非リンクはyahoo　２万,google　60になっております。ビックキーワードではyahooのみ１００位程度に表示されます。サイト全体としては検索エンジンには評価されていません。ページランクは３ですが他ページは評価されていません。

今後メインのサイトはコンテンツに大きな変更がありませんが、リニューアル後はサブサイトは日々１０００ページ程度の更新、新規ページの追加が行われる予定です。またメインサイトからサブサイトへユーザーを誘導するつもりです。

このような場合サブドメインがよいのか、別ドメインでの運用がいいのか教えてください。よろしくお願いいたします。