長男に払わないといけないか

　質問の趣旨がよくわかりません。
長男が要求する金品がなんなのかもよく理解できません。

内容を整理しますと、
１）2年前にご両親がなくなり相続が発生したこと（順位は不明）
２）まだ遺産分割協議書ができていないこと
２）’協議書に判を押す押さないと言う事から一応出来ているのかもしれません
３）長男がなんの理由かわかりませんが金品を要求していること
４）国税の調査については相続とは無関係に感じますね
５）それぞれに弁護士さんがついていること
６）遺言書が不明

　以上から、遺産を分割するに際しては平等に配分することになりますが、そのような内容の遺産分割協議書への押印を長男が拒否し、遺産を独り占めしようとしているようにも感じます。しかし、この時点であなたや次男さんに対し長男が金員を要求する意味がよくわかりません。どうも独り占めの問題ではないように感じます。

おふたりは自営業をしているため、開設時にご両親存命中に、土地や建物あるいは金員を譲渡されたのではありませんか。この譲渡税が無申告であり、そのために調査が入ったように見受けられます。

そして、この譲渡がご両親が亡くなる3年以内のものであれば、当然に相続財産となります。
相続の発生により遺産総額を算出するに際しては、この譲渡資産も計算に入れなければなりません。遺産総額の中に入れ、計算した結果、平等に分配する金額以上にそれぞれの持分が達していた場合には、超えた部分相応の金額を長男さんに渡す必要があります。

このように整理してみますと、遺産総額が不明のため、長男が要求している、1000万円や
1500万円が妥当かどうかは不明ですが、支払う必要があると考えます。