免税事業者が新たに課税事業者となる場合、課税事業者となる日の前日において所有する棚卸資産のうちに、納税義務が免除されていた期間に仕入れた棚卸資産（商品、製品、半製品、仕掛品、原材料、貯蔵中の消耗品等で、現に所有しているもの）がある場合は、その棚卸資産に係る消費税額を、課税事業者になった課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額とみなして仕入税額控除の対象とする。

仕入税額控除の対象とすることができる棚卸資産の消費税額の計算は、
〇棚卸資産を仕入れた日が2019年10月1日以降
その棚卸資産の取得価額に110分の7.8（軽減税率の適用対象となる棚卸資産については108分の6.24）を乗じた金額

〇棚卸資産を仕入れた日が2014年4月1日以降2019年10月1日前その棚卸資産の取得価額に108分の6.3を乗じた金額

〇棚卸資産を仕入れた日が2014年4月1日前
その棚卸資産の取得価額に105分の4を乗じた金額

具体的には、新たに課税事業者となる場合に、2014年4月1日前に仕入れた棚卸資産を有している場合には、その棚卸資産の取得費用の額に105分の4を掛けて棚卸資産に係る消費税額を計算する。一方、新たに課税事業者となる場合に、2014年4月1日以降2019年10月1日前に仕入れた棚卸資産を有している場合には、その棚卸資産の取得価額に108分の6.3を掛けて棚卸資産に係る消費税額を計算する。

棚卸資産の取得価額には、その棚卸資産の購入価格と引取運賃、荷造費用などその購入するために要した費用の額が含まれる。

この適用を受けるためには、その対象となる棚卸資産の明細を記載した書類をその作成した日の属する課税期間の末日の翌日から2ヵ月を経過した日から7年間保存しなければならない。

（参考）課税事業者が免税事業者となった場合
課税事業者だった課税期間の末日に所有する棚卸資産のうち、その課税期間中に仕入れた棚卸資産に係る消費税額は、その課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額には含まれない。棚卸資産のうち、最終の課税期間の仕入に係る消費税は仕入税額控除できない。