tk6361さん　はじめまして
税理士の柴田博壽と申します。
お答えします。所得区分が錯綜していて回答に窮した次第です。（笑）
tk6361さんのご質問の中に
（１）業務委託契約、報酬
（２）個人事業主登録、青色申告
のフレーズが登場します。具体的な職種には触れられていませんが、tk6361さんが得ている収入は、事業所得に当たると判断されます。
実は、勤務先において「年末調整」を実施してもらえる人は、給与所得者に限定されています。
tk6361さんの場合、事業所得者に当たりますから、年末調整を行わずに確定申告書で精算を行うことになります。
既に「青色申告承認の申請書」を提出されているようですから、年間を通じて記帳された帳簿の集計を行って、「青色申告決算書」並びに「所得税の確定申告書」を作成することになりますね。
その際、Ａ社、Ｂ社の「源泉徴収票」の添付が必要になります。確定申告書で計算した所得税から源泉徴収票で判明する源泉所得税を記載すようになっていて、不足分を来年３月１５日までに納税することになります。
逆に、１年間の所得税額より、源泉所得税額が多かった場合は、税金が還付されることになります。
給与所得者であれば、これらの精算を勤務先で行ってもらえますが、事業所得者は、一人ひとりが税務署で精算するという規定になっています。
ご参考になれば幸いです。
柴田博壽税理士事務所