茉莉花茶様、はじめまして。
ファイナンシャルプランナーの森本直人と申します。

ご質問の件は、国民年金基金連合会のホームページなどで、調べられる内容ですが、私も勉強になるので、茉莉花茶さんに代わって調べてみました。

<1>もし今後個人型へ移換しないで60才を迎えたら、通算拠出期間3年5ケ月,資産評価額35万円と少なくても年金は支払われるのでしょうか?

60歳時点で通算加入者期間等が、10年に満たない場合は、60歳から受給できない可能性があります。自動移管されている期間は、通算加入者期間等には入りません。
現行では、2年以上加入等 →64歳から受給可能となっています。

いずれにしても給付を受けるには、個人型年金に資産を移換することが必要とのことです。

<2>いったん国民年金基金連合会に移ってしまうと途中から個人型に加入し直すことは出来ないのでしょうか?

所定の手続きをとれば、個人型に加入し直すことは可能です。

<3>又、加入して掛金を積み立てていく場合、手数料は加入者分と運用指図者分の両方払わなくてはならないのでしょうか?
それぞれ5000円～6000円/年ほどかかると思いますが。

手数料は、運営管理機関により異なります。
なるべく安いところを探すのも、ひとつの考えです。

なお、運用指図者とは、新たに掛け金の拠出はしないで、プール資金の運用指図のみ行う確定拠出年金の加入者であった人のことをいいます。
加入者分と運用指図者分の両方払うことはないはずです。

蛇足ながら付け加えると、個人型年金は、掛け金の拠出時だけでなく、運用期間中と受取時にも税制メリットがあります。

運用では、まったく増えないと思われる場合は、運用放棄（自動移管）もひとつの選択ですが、運用で増やすことが出来た場合には、利益に対する課税を抑えられますので、金融経済の仕組みを学びながら、住宅ローンの金利を上回る運用を目指すこともひとつの選択肢です。

以上、ご参考にしていただけると幸いです。