fukky様、はじめまして。
ファイナンシャルプランナーの森本直人と申します。

ご質問の件、平成２１年から平成２５年までの間に居住し、所得税の住宅ローン控除を受けた方で、所得税において控除しきれなかった金額がある場合は、翌年度の個人住民税において住宅ローン控除が適用されることになっています。

つまり、住民税からも控除を受けられるということです。

ただし、住民税から控除できるのは、前年分の所得税の課税総所得金額等の5％（最高97500円）までが上限となっています。

それから、不動産事業分の還付というのは、ワンルームマンション投資か何かで、赤字になっている分を給与所得と損益通算しているという意味だと思いますが、もしそうであれば、その赤字と給与所得を損益通算した後の所得に対して課される税額から、住宅ローン控除額を差し引くことになります。

住宅ローン控除は、所得控除ではなく、税額控除ですから、差し引く順番は、あとになるという意味です。

なお、名義や持ち分をどうするのが有利かは、今後のお二人の働き方次第ですし、そもそも、税金を節約するという、ただそれだけの理由で、物件の所有者を決めるのは、どうか、とも個人的には、思います。

それと、住宅購入のライフプランは、買ってからが始まりですから、綿密にその後の計画を立てることも大切です。

もし不動産事業のキャシュフローがプラスになっていないのであれば、それもどうするか考えた方がよいかもしれませんね。

これからの時代は、ファイナンシャル・プランニングが、かなり重要になってきますよ。

そのために、ファイナンシャル・プランナーという職業が存在しています。

以上、ご参考になれば幸いです。