こんにちは、スノウ2250さん。
言葉づかいはその方が今置かれている環境や考え方が伝わると言われています。その言葉づかいに不自然な言い方があると、会話に説得力がなくなったり、時には信頼性が薄くなることもあります。
アルバイトの方が話されている不自然な言葉づかいは確かに、近年使われていることが多くなってきました。スノウ2250さんがおっしゃるように変な言葉を言っている自覚がない場合もあります。なぜ言ってはいけないのかの意味を伝えられてはいかがでしょうか。

上司から資料は全部準備出来たのかを聞かれた時、「はい、大丈夫です」と答える。
“大丈夫です”という言葉は本来、相手のことを心配する投げかけに使いますので、心配されていないのに、使うのは不自然です。指示に対しての受け答えであれば、「はい、出来ています」や「はい、終わっています」などが正解です。
資料の保管場所を案内する時、「資料はあちらになります」と答える。
“～になります”というのは変化をしている様を伝えますので、出来上がっている資料に対しては「資料はあちらでございます」が正解です。
電話応対などで課長が今何しているのかを復唱する時、「課長の山本のほうはただ今、外出致しております」と答える。
“のほう”はおおよその方角を伝える時に使う言葉です。課長そのものを示す場合は、「（課長の）山本はただ今、外出致しております」が正解です。
直接、スノウ2250さんがご指導なさるのであれば、お客様との接客の中で知らずに使っていることを受けとめた指導をされると良いと思います。例えば、「〇〇さんは笑顔で親しみやすい印象で、仕事もテキパキと行ってとても良いから安心できる。でも時折出て来るバイト敬語は、接客全体に違和感を与える言葉だから、それを変えるともっと丁寧さが伝わります。例えば～」と頻繁におっしゃっているバイト敬語がなぜいけないのかの理由を添えてアドバイスをすると良いかもしれません。また、周りの方々も気づいた時には繰り返し指摘されると良いと思います。
その場にふさわしい言葉づかいでコミュニケーションは深まっていきます。正しい言葉を使ってお客様、職場の方々とも良い関係を築いていきましょう。