赤ちゃんの頭の変形の多くは出生時に起こることが多いです。

お母さんの骨盤の歪みの状態または出産にかかる時間により、産道を通って生まれてくる赤ちゃんは大きく影響を受け、頭が圧迫され変形することがあります。

吸引分娩や鉗子分娩をされるとさらに大きな圧力がかかり、特に確率が高くなると言われています。

頭の変形はsakuraさんの仰る通り、頭痛や歯並び、噛み合わせに影響する他、全身のバランスや、姿勢不良、それらに起因する腰痛や肩こりなどの症状にも及ぶと言われています。

しかし、日本では専門の治療が受けられる病院が1ヶ所しかなく遠方で、しかも高額であるという点は継続した治療を考える上で躊躇せざるをえないと思います。もっと近くできちんとみてくれるところがあれば、、、と思われるでしょう。
　
ちなみに、病院では無いのですが、赤ちゃんへのカイロプラクティックケアはアメリカではとても一般的なもので、出産直後に体の歪みのチェックと調整をする事で、様々な潜在的なリスクを取り除くことが出来ます。

カイロプラクティックの立場から、頭蓋の変形で気にしなければならないポイントは付随して新たな歪みを発生させないことです。赤ちゃんにとって頭はとても重たく、形に偏りがあると右向き・左向きにクセがついて、なかなか両側で寝返りが打てないといったことが起こります。

頭蓋骨の成形に影響が出たり、癖がついてしまうと自然に回復出来る分まで損ねてしまう可能性があるからです。また、この段階で首から下へ歪みが及ぶと側湾や斜頚リスクも推察されます。

WHO（世界保健機構）の教育水準を満たし、専門的な知識とケアを学んだカイロプラクターであれば小児への施術を推奨していますし、もちろん私もその1人です。ただし、カイロプラクティックを名乗る紛い物も多いので、カイロプラクティック院選びは気を付けてください。

私と同じグループで信頼のおけるクリニックが、幸い広島に数院あります。
とても優秀な先生たちなので、相談してみてはいかがでしょうか？