ねむいさん、こんにちは。
休眠している株式会社を復活させるための手続きについて、今後の手続きをどのような流れで進めるのがスムーズなのか、また登記完了待ちの間に出来ることはあるのか、というご質問ですね。

今後の手続きの流れを、法務の手続と税務の手続きに分けて説明します。

（１）法務の手続きについて
〇住所変更に関する定款の変更及び登記申請
まず、法務の手続きについてですが、「管轄外の本店移転」をなさるということですが、住所変更に関する定款の変更及び登記申請はお済みでしょうか？
住所変更に関する定款の変更がなされていない場合、例えば，定款に「本店を東京都渋谷区に置く。」と定めてあり，渋谷区外への本店移転をする場合は，定款変更をする必要があります。
そして、定款変更の決議をした株主総会議事録を添付して、住所変更に関する登記申請を行ってください。
管轄外への本店移転の場合は，移転先を管轄する登記所分の申請書も作成していただく必要がありますので、ご対応ください。
　※東京法務局「Ｑ１６会社の住所（本店）を移転する場合の登記手続」
　　http://houmukyoku.moj.go.jp/tokyo/static/kaisyahou-qanda.html#16

〇改印届
「会社の実印の変更」というのは，登記所（法務局）に届けている印鑑を変更するということかと思いますが，この手続を『改印』といいます。
改印の手続をされる場合は，(1)改印届書の用紙、(2)新たに届ける印鑑，(3)印鑑届出者（代表取締役等）個人の実印及び(4)その個人の実印についての市区町村発行の印鑑証明書（３か月以内のもの）が必要となります。
印鑑に関する届出は，会社・法人が登記されている登記所に提出してください。
※登記事項証明書（商業・法人登記）・印鑑証明書等の交付請求書の様式：
http://houmukyoku.moj.go.jp/homu/COMMERCE_11-2.html

なお，法務の手続きについて相談なさりたい場合は，貴社の本店の所在場所を管轄する法務局（法人登記部門・支局・出張所）へご足労いただき，ご相談願います。
　※管轄区域一覧：
http://houmukyoku.moj.go.jp/tokyo/table/shikyokutou/all.html

（２）税務の手続きについて
法務の手続きと並行して、税務の手続きを進めることが効率的だと思います。
税務の手続きは、以下の流れで進めるのが良いでしょう。

〇異動届の提出
異動届に休眠の解除の旨を記載して、税務署、都税事務所および市町村に提出します。
税務署については、異動前の納税地の所轄税務署長に提出してください。
※国税庁：
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_5.htm

東京都内で主たる事務所等の移転があった場合は、異動前又は異動後のどちらかの都税事務所および市町村へ届け出てください。
なお、東京特別区内の異動の場合は、特別区への届け出は不要です。
※異動届出書フォーム：
https://www.tax.metro.tokyo.lg.jp/shomei/houjin/02a_32-2a.pdf

〇法人住民税の均等割免除に関する手続き
「法人住民税の均等割」は、黒字、赤字、営業実態がある・なしに関わらず、法人の存在自体にかかる税金のことですが、この均等割を免除できる場合があります。
法人住民税均等割の免除を受ける方法は、基本的には、上記の異動届に、休眠状態である理由・状況等を記載して提出することで手続き要件が完了しますが、自治体によっては、本当に休眠・休業の実態／要件を有しているかを確認するための、後日実地調査等が行われる場合があります。
詳細は市町村によって異なりますので、所属する市町村に問い合わせるのが良いでしょう。

〇確定申告
休眠状態でも登記上は会社が存続しており、すべての会社は法人税、住民税、事業税などが発生します。
休眠中の預貯金の動きや売掛金の回収、買掛金の支払いなどがなかったか等を確認し、過去の確定申告をまとめて行います。
　※国税庁・確定申告等情報：
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinkoku/index.htm

〇青色申告の確認
休業中に税務署から青色申告の取消通知が送られてきていることはよくあるので、それを確認します。取り消しが行われると、その後の2期は青色申告承認申請ができないので、「何日付けで青色の取消がなされたか」を確実に確認します。
青色申告の取消が行われていて、申請できない期間が過ぎていることを確認したら、青色申告承認申請書を提出します。
※所得税の青色申告承認申請手続：
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/09.htm

なお、税務の手続きについて相談なさりたい場合は、国税庁の税についての相談窓口に問い合わせてみてください。
※税についての相談窓口：
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shirabekata/9200.htm
また、東京税理士会　納税者支援センターでも相談を受け付けています。
※東京税理士会　納税者支援センター：
https://www.tokyozeirishikai.or.jp/general/consultation/support/

ねむいさんの益々のご活躍をお祈り申し上げます。