しまったﾖｯｼｰさん、こんにちは。
　親会社様からの委託費の体系見直しに際して、販売費・一般管理費の請求方法についてのご質問ですね。

(1).請求の基本方針について
　親会社様としては、委託費の体系の見直しは、内外に内部取引が合理的に行われていることを示すことが目的と思われます。したがって、B社様としても合理的な説明により妥当な金額を親会社様に請求することが良いと思います。受託業務に関わる経費は直接原価と間接原価（販売費・一般管理費）から構成されますが、Ｂ社が利益を出さないとは、売上（つまり受託額）から直接原価と販売費・一般管理費を差し引くと営業利益がゼロになるという意味なのでしょうか。いずれにしろこの考え方に沿って直接原価、販売費・一般管理費とも合理的な算定方式を親会社と協議の上明確にしておくことをお勧めします。

(2).請求のタイミングについて
　合理的な算定で請求するとすれば、事後ではなく、年度末に次年度の販売費・一般管理費分の請求金額または算定方法をあらかじめ合意しておくことになるでしょうか。この方法ですと、いままでの上限のみを決めておく方法に比べ、親会社様には金額を確定できるメリットがあり受け入れられやすいと思います。その反面、B社様はより厳密な予算管理が求められます。しかし、何に対してどのような費用が発生しているかを明確にすることは今後の企業の施策立案の基本情報になりますので、今回の見直しはその好機とも考えられます。

(3).販売費・一般管理費の請求の単位
　今回の場合、固定費的な社内の管理業務の増大が販売費・一般管理を押し上げているようですので、固定費として親会社様に請求できるのであればそれが望ましいでしょう。
　しかし、不動産管理部門にかかわる部分を切り出す必要や受託費に比例して請求する必要があるのであれば、配賦が必要になります。配賦の考え方のひとつにActivity Based Costingがあります。

(4).Activity Based Costing
　Activity Based Costingとは、もともとは、ハーバード・ビジネス・スクール教授のロバート・S・キャプランが1980年代に製造業の間接費をどう把握・管理するかという目的で提唱したもので、販売費・一般管理費に向けたものではありません。しかし、その後物流費など各方面に応用されている考え方で、販売費・一般管理費にも考え方は応用できます。
原価を活動原価という単位に細分化し、コストドライバーという活動原価の発生額と比例関係にある基準で製品に配賦していこうというものです。生産量が多い製品により大きな金額が配賦されてしまう伝統的な原価計算とは違い、投入された原価を投入を受けた製品に配賦することを目指しています。
　ABC/ABM/活動基準原価計算などのキーワードで検索していただくと何冊かの市販の書籍がhitすると思いますのでご参考になさっててください。

　しまったﾖｯｼｰさんとＢ社様の円滑な業務運営をお祈り致します。