パンクラさん、こんにちは。
パンクラさんが別の会社で会社員として働く際に、下記のどちらが良いか、というご質問ですね。
　１．バンクラさんがそのまま個人事業主となり、奥さんとお子さんを扶養するか
　２．個人事業主を奥さんに譲り、お子さんのみ扶養するか


１、２で想定されるメリット、デメリットは下記となります。
下記を踏まえ、どちらが良いかを判断されたほうがよいかと思います。

■１の場合
【メリット】
（１）個人事業主の変更が発生しないため、手続きや贈与税等の発生リスクがないことが考えられます。
（２）バンクラさんの所属する健保組合の規約（一般的には収入が130万円未満）の条件を満たせば、奥さんを社会保険や年金の扶養とすることができます。

【デメリット】
（１）会社員と個人事業主の兼業となりますので、新しく勤める会社の就業規則や雇用契約書に、副業禁止規定が入っているかの確認が必要です。
もし、副業が禁止されているのであれば、副業の業種を問わず問題となります。
雇用契約違反となれば、その程度により、懲戒処分や損害賠償を受ける可能性がありますので十分注意してください。

（２）所得税の節税面では、奥さんが配偶者控除、もしくは配偶者特別控除を受ける場合は、「青色申告者の事業専従者としてその年を通じ一度も給与の支払を受けていないこと」又は「白色申告者の事業専従者でないこと」が条件となります。
よって、奥さんが事業専従者の場合は、所得税上のメリットは享受できなくなると思われます。

【配偶者控除】
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1191.htm
【配偶者特別控除】
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1195.htm


■２の場合
【メリット】
（１）扶養となる際に条件となる収入の制限を気にしなくて良いということです。
奥さんが個人事業主となり、バンクラさんの扶養から外れるため、例えば「収入を130万円未満にしなければならない」ということを気にする必要がなくなります。

【デメリット】
（１）事業主を奥さんに変更をすることで、奥さんが税金や社会保険・年金を支払わねばなりません。
（２）事業主の名義を変更することで、元入金に対して生前贈与という贈与税が発生し、コストが発生する可能性があります。
贈与税を発生させないためには、バンクラさんが一旦廃業して奥さんが開業する方法もありますが、贈与税の詳細に関しては税理士さんか、税務署に相談されることをお勧めします。

以上です。
バンクラさんの今後の益々のご活躍をお祈り申し上げます。