himiko05さん、こんにちは
月々の返済額が負担となっている父親の会社の借入金返済に関して、会社の名義の土地をhimiko05さんが長期ローンを組んで購入し、会社の借入金を返済するという提案ですね。
ここでは、土地のみの購入に関する売買契約、ローンの手配、譲渡所得、諸費用について、お答えします。

１．売買契約
土地の購入の手続に際しては、必要書類の準備（印鑑証明書等）、重要事項説明、売買契約書の作成（取引内容等の記載）、不動産を管轄する法務局への登記申請（売買代金の支払）、登記完了という流れとなります。親子といえ不動産という高額な財産を売買するので、売買契約書の作成、土地情報、登記など専門家へアドバイスを求めることをお勧めします。

２．ローン
土地だけ購入する融資では原則住宅ローンは利用できません。一緒に自宅を建築するなら別ですが、土地だけを取得する場合には低利の住宅ローンを利用することは難しいのが現状です。金利・手数料が高く借入・返済条件が相応に厳しいフリーローン等を使うことになります。事前に金融機関等を当たってご相談されることをお勧めします。

３．譲渡所得
法人が土地を譲渡した場合、譲渡資産の時価相当額が益金とされ、法人税対象となります。土地の帳簿価格が損金とされ、通常の課税所得に対する法人税・地方法人税（国税）および法人事業税・地方法人特別税（地方税）や住民税（地方税）が課税されます。なお、個人が土地を譲渡した場合、原則所有期間に応じて譲渡所得に所得税、復興特別所得税、住民税が課されます。

４．諸費用(主に税金)
土地の購入にかかる税金は、以下の４つがあります（なお消費税は必要ありません）。
・印紙税（国税）：売買契約書やローン契約書の作成時に必要な税金です
・登録免許税（国税）：取得した土地の登記をする際にかかる税金です。
・不動産取得税（地方税）：土地の取得にかかる税金です。
・固定資産税・都市計画税（地方税）：毎年1月1日に土地を所有している時課税される税金です。
種々の税金額の計算や疑問があれば、近くの税務署や都道府県等へ問い合わせしてみることをお勧めします。

デメリットとして、土地のみの購入時にはローンの難しさや土地代以外に税金・手数料（専門家への報酬を含む）などの付帯費用が種々掛かりますので、余裕ある資金繰り計画を立てるようにしてください。

また、会社名義の土地の根抵当への対応に関しては、少し留意が必要です。根抵当権は継続的な取引から生じる不特定多数の債権を一括して担保する抵当権です。債務が弁済消滅しても根抵当権は更に今後発生する債権を担保するために存続します。よって、父親と良く相談されて、当該借入完済時で抹消登記手続きを実施（金融機関等根抵当権者の承諾＜登記原因証明情報等＞や当該融資契約解除が必要です）するか、または商売継続のための他物件への設定替え（現状の運転資金等極度借入金見合いあるいは自己資金で賄う場合は不要）等をご検討ください。

なお、他の方法については、今回の情報の範囲では
（１）himiko05さんに当該土地は残せませんが負担が及ばないかたちで土地を第三者へ売却し、債務を返済するやり方、（２）土地の条件にもよりますが当該土地を有効活用（自宅建築等）するやり方などが考えられます。

himiko05さんのご活躍をお祈りします。