obebさんこんにちは。大阪で設計事務所をしています福味と申します。

洋の東西を問わず、フロアは空間の長手方向に貼られます。理由がありまして、長手方向に貼る方が手間が省けるのです。貼る板材の長さはそれほど手間には関係せず、貼る枚数が手間に関係します。枚数が増えると当初平行に貼って行ったつもりでも、だんだんと平行がズレて行ってしまう為です。合板フローリングでは滅多にありませんが、無垢のフローリングではよく見かけます。

質問１　法律でどちらに貼りなさいと言う規定はありませんので、後は住宅会社とobebさんの話し合いの上での決定となります。
「私は住宅の内外装の見た目に関わることは、最重要配慮事項として釘を刺して、必ず両者が合意できたう上で進めるように言ってきたので」←これが文章で残っていれば、住宅会社も当社仕様ですとは言えません。建築主のこだわりを住宅会社が無視した事になりお互いの信頼関係を棄損した事になります。
ただ云っただけなら、「言った言わない」の問題となりますので、解決策を見出すにはお互いの歩み寄りが必要かと思います。

質問２　廊下を貼る場合Ｂの方が貼り易いでしょう。廊下の奥から張っても玄関側から貼っても直線を決め易いです。Ａの張り方では先程の平行の話しにも関係しますが、どこから貼っても途中でフロアが出会う事になり、そこで平行が保たれていなければフローリングに隙間が出る事になります。与条件が無ければ施工者はＢを選択するでしょうね。

プロであれば、どちら向きに貼るにしても綺麗に貼ってくれるとは思いますが、当初の建築主の要望をどれだけ真摯に聞いていたのかが問題となりそうですね。

捕捉質問　一度貼ってしまったフロアを剥がすのは問題が残ります。最近はネダレス工法が殆どなので、フロアは糊貼りされているでしょう。糊を剥がしながらフロアをめくれば、下地の合板にも傷がつきます。大した傷でもありませんが、これは心の傷に等しい嫌な思い出として床を見る度に傷のついた下地を思い出す事になります。
フローリングの貼る方向だけの問題であれば、今のフローリングの上からもう一度フロアを貼る手もあります。ホモジニアスタイルの木目調のモノを貼れば２～３ｍｍ程度厚くなるだけで通常の生活には何ら支障はありません。

私が同じ立場であったらなら、６０万円も余分に費用を出すくらいなら、「建築主の要望を無視した住宅会社にも落ち度はあるだろう」と云った様な交渉をして無償でホモジニアスタイルを貼らせますね。。。

蛇足ですが、私なら廊下はＡ、主寝室はＢの方向に貼らせます。