澪パパさんこんにちは。大阪で設計事務所をしています福味と申します。

こんな間違いもあるのですね。４０年間住宅設計に携わっていますが、初めて聞く話しです。恐らく、前例も無いのではと思います。
まず、本契約していない段階で所有権が移転しているのに驚きました。普通は所有権移転と本決済を同時に行います。土地の所有権とカッコ書きされているのですから建物の所有権はまだ移転されていないと言う事なのでしょうか。
それでも、建物だけの担保力で土地取引を先に済ませてしまう事も聞いた事がありません。

前例を知りませんので、今後どの様な事が考えられるかと云う事なのですが、全て民事のお話しですので、話し合いが基本になります。
１．このまま、事もなく話しを進める
２．値引き交渉をして取引を済ませる
３．契約を破棄し白紙に戻す
の三択かと思います。
１．は月々の支払いが１４０００円増えますのでとても承諾できないでしょう。先方も過失を認めていますので１４０００円を一方的に負担する事も無いかと思います。
２．値引きとなると契約先の不動産屋さんの持ち物なのか、タダの仲介先なのかで結果が変わって来ます。不動産屋さんの所有であれば、５００万円の値引きになるのか、金品以外の方法で弁済を図るのか別として、それなりの値引きは可能かと思いますが、仲介であれば売主が拒否してしまえば、取引は成立しなくなります。その時は土地は澪パパさんの物。建物は他人の物となり、司法の場で解決を図らなければならない少々面倒な事になるでしょう。
３．ですが、契約条項の中に、白紙解約についての条項があるのではと思います。それに則って処理しますが、それが有利なのか不利なのか条項を熟読しなければ何も言えません。

これらは全て話し合いが基本となります。相手が納得の行く誠意を見せてくれるのであれば、穏便に済ませる事が肝要ですが、どうしても納得いかないとなれば、弁護士等の代理人を立てて交渉に当たるべきかと考えます。