大阪で設計事務所をしています。
心中お察し申し上げます。
コストダウンを図るには色々な手法があります。
○間取りを整理して構造的な無駄を省く方法
○仕上げ材や住設機器を吟味して質を落とさず値段を下げる方法
○住まい方を熟慮して無駄な坪数を減らしてしまう方法
○工法の選択
○工務店さんの協力
一般的にはこれらを駆使して、ご予算に近づけるのですが、１０００万円のコストダウンとなれば至難の業かと思います。
但し、１０００万円もオーバーする物件となれば、建築総額が相当高額な物件ではありませんか？最も多く建てられている２０００万円クラスの物件では、１０００万円もオーバーすることはまず考えられません。
また、高額物件であれば、上記手法を駆使すれば１０００万円のコストダウンは不可能な数字でもありません。私の経験ですが、昨年１０００万円以上のコストダウンに成功しています。

その為には、設計事務所をはじめ、工務店さんの選定から洗い直す必要があるかと考えます。
同じ業者で減額案を要求しても、今までと同じ発想でしか、減額案を出して来ないと思います。工事サイドの論理で値段を積み上げた減額案は、建築主の夢を色褪せたものにするばかりで、決して許容できるものではないでしょう。

また、折角苦労して求められた土地を買値で売れるかどうか判らない状況で、売却されるのももったいない話しかと思います。
つなぎ融資の金利負担は売却が成立するまで払わなければなりませんし、早急に処分しようと思えば、売却価格そのものを引き下げねばなりません。
夢と希望を膨らませて今まで来られたのですから、失望は大きいかと思いますが、夢を捨てずに再度マイホームに挑戦されることをお勧めします。

一つ教えて頂きたいのですが、現在実施設計中との事ですが、一般的には実施設計が完了していない段階での見積もりと云うのに、いささか違和感を感じます。
実施設計が完了して初めて正式な、見積もりの発注が出来るのであり、実施設計が完了していない段階での見積もりに、どれほどの信憑性があるのか疑問です。見積もり金額だけが一人歩きをしていませんか？
もしも２０００万円クラスの物件で１０００万円以上も予算がオーバーしているのなら、それは実施設計図書の不備による、工務店さんの過激とも云える安全側（値段が高い側）の見積もりである可能性だって考えられます。

もう少し詳しいお話しをお聞き出来れば、お力になれると思うのですが。。。。