でゅーくさん、ご質問ありがとうございます。
ファイナンシャルプランナーの大間武です。

ご質問の
「マンション管理会社からの総会議案に疑問」についてですが、
私もマンション管理組合の会計担当理事として13年目になりますので
その経験と経理実務経験者としての部分も含めた意見を申し上げます。

企業、各種団体における支払の流れ、仕組みについては
様々ありますが、究極の目的は

　「支払うべきところにきちんと支払う」です。

これを達成するために、組織によって様々支払いまでの手続き（決裁）が
必要となってきます。

今回のマンション管理会社からの提案については
役割分担として
　・管理会社はあくまで支払データを作成するのみ
　　　　　　　　↓
　・上記データを銀行が受け取り、
　　　　　　　　↓
　・管理組合の代表者が出金の承認をする

となっており、間に銀行が関与することによって
不正を少なくするように考えられています。

この流れは銀行の決裁システムを使用する（ファームバンキングシステム＝ＦＢ）
ため、コストもその分必要となってきます。
（なお、一般企業がこのシステムを使用した場合の使用料はもっと高いです）

ただ、管理会社からの提案内容で
まったく問題がないかと言えばそうとも言えません。

例えば、
　最終支払承認者（理事長）が事故等で、承認出来ない場合の対応方法や
　理事長がインターネットを使用できない環境にある場合の決裁方法

　理事長が最終承認する場合の画面の表示内容、方法
　（管理組合で依頼した振込内容が詳細で確認できるのか？）

　銀行のパスワード管理方法、変更方法
　（管理組合として規約等で別途定める必要があるのでは？）　

　でゅーくさんも懸念されている改ざん、偽メール等への対応
などです。

一見便利で、安全のように思えても
改善される部分はあっても、別途新たに対応を考える必要性や
規約等の制定が必要な場合もあり、
でゅーくさんが疑問を持たれるのは当然ですので
これらも含めて、総会で質問をしていただくと良いと思います。

なお、総会議案として上程されているということは
管理組合理事会で議案として出すということを決めていますので
理事の方々は理解されていますよね？という質問もありです。

いずれにしましても
一部の部分だけで判断せず、総合的な判断が必要で
他の方法がまったくなく、この方法しかないのか？も含めて
総会で議論されると良いと思います。

様々な対応が必要なのに、それが不足し、不安要素が多いようでしたら、
議案を取り下げ、再度一年間かけて理事会で検討することも
提案してみても良いと思います。

でゅーくさんのマンション管理組合における
究極の目的「支払うべきところにきちんと支払う」ことのできる
安心した方法、仕組み作りを目指してください。