ハッピーハウスの真山（さのやま）です。

一般的に新築戸建て（土地付建物）の登記は、
　建物の表示登記
　建物の保存登記
　建物への抵当権設定登記
　土地の所有権移転登記
　土地への抵当権設定登記
となります。

仮に、住宅ローン等の融資を使用しないのであれば、
抵当権設定の設定登記費用は不要です。
また、すでに自己所有の土地に建物を建てたのであれば、
土地の所有権移転登記費用は不要です。

建物の表示登記は、土地家屋調査士が行います。
その費用は、基本的に土地家屋調査士の作業費用で、
8万円～10万円程度が一般的なので、相場だと思います。

司法書士事務所へ支払うの費用は、
各種登記の登録免許税と司法書士報酬部分に分かれます。
登録免許税に関しては、だれが行っても金額は同じです。
よく登記費用で、高い、安いの話になるのは、
司法書士報酬等の金額です。

今回、496,000円の内訳（税金部分と報酬部分）が分からないので、
高い、安いの判断ができません。

まずは、登記費用496,000円の内訳明細書をもらってください。
その明細に納得がいかなければ、別の司法書士に
その明細書を提出して、相見積を取ってみるのが良いと思います。
違いは、基本的に報酬部分だけです。

経験上も、全体の登記費用が40～50万円くらいの話で、
報酬部分が4～5万円くらい違う場合があります。
例えば、横浜の物件の登記を、東京の司法書士が行う場合、
横浜の司法書士が動くよりも、交通費や日当が余計にかかります。
一般的には、申請する登記所に近い地元の司法書士が動く方が
そういった費用は安くすみます。

あまりにも金額に差がある場合には、
報酬部分の価格交渉をしてみる、
もしくは別の司法書士に頼んでもよいのか聞いてみるの
が良いと思います。

少しでもお役に立てれば幸いです。