ハッピーハウスの真山（さのやま）です。

社員寮に居住している方の住民票と
不動産の所有権は全く関係がありません。

今回のケースにおいて、社員寮の所有権は、あくまでも
不動産の所有者（会社に物件を貸している個人の方）
にあります。

ただ、その不動産（社員寮）を使用する権利を
会社が賃貸借契約によって得ています。

そして、会社が社員にその不動産を転貸している
形になっていると思います。

したがって、会社と社員の間の取り決め
（例えば賃貸借契約、就業規則、社則等）
に違反する場合は、その社員について、
上記の取り決めに応じた罰則をすることは
可能だと思われます。

ただし、実務的には、その違反の度合い、
トラブルの度合い等を慎重に考慮する必要があります。

軽微な違反等で、社則の罰則を与えたりすると
その従業員からパワハラで訴えられたりすることもあります。

あくまでも、こちら側に正当な事由があって、
そのうえで罰則や賃貸借契約の解除、退去勧告を
行うようにしてください。

まずは、隣人や寮監からのクレーム（日時・内容等）を
ノート等に書き留め、現状のクレームの実態を把握してください。
その上で、その問題社員とよく話し合い、
それでも解決されないのであれば、弁護士等へ
相談の上、法的手続きを取るのが良いと思います。

少しでもお役に立てれば幸いです。