整理していかなければならないこと等

文面拝見しましたが、私も設計士の立場なので現場が3者でうまくいくことをお祈りしたいところです。問題は大きく2つあるでしょう。

まずは、設計士の設計監理に対する不安感。
それと今回の追加請求。

前者は、建て主、設計士、工務店の位置づけをお互いに再認識する必要があると思います。
設計士は、設計の監理という立場で設計士の代理人として工務店が設計図通りに家を造っているか?を重点的に監理します。設計士がその役割を果たしているか?も1つの問題ですし、建て主と工務店が直接話をしたりすることで、その関係性を崩してしまっている可能性もあります。多分このまま現場が進むと、本来の役割が機能せず、設計士が知らないところで発生した追加工事なども最後に工務店から請求される可能性がありますので、かならず設計士を介するということを徹底されることをお進めします。もし、設計士がその能力が無いと客観的に判断出来る場合は、契約を打ち切りにするなど具体的に話し合う必要があるでしょう。

それと後者の追加請求について。
これは、通常ハウスメーカー、工務店さんでも発生する「申請などの申請料の立て替え」分です。もし、その辺りの説明が無かったとしたら、その説明不足への非は認めてもらう必要がありますが、確認申請やフラット35を申請するときの申請料ですので、良心的に立て替えてくれていたと解釈も出来る部分ですから、まず、前者の関係性の整理をされてから、この話もされるといいと思いますよ。

最後までいいチームで工事が進むことをお祈りしています

八納啓造